El Archivo custodia la documentación producida por el Museo Naval inaugurado en 1843 con la función primordial de difundir entre el público general los modelos, armas y demás útiles que se emplean en la Marina. El primer tercio del siglo XX constituyó una época de relativa inactividad, pero a partir de la proclamación de la II República recibe un nuevo impulso con el nombramiento en 1933 del oficial Julio Guillén Tato como director del Museo.

En 1996 se publica el Reglamento de Organización del Museo Naval y su Patronato, actualmente vigente. El artículo 1º del mismo define su función: la adquisición, conservación y difusión de conjuntos y colecciones de valor histórico -artístico, científico y técnico relacionados con la actividad naval, a fin de promover el conocimiento y difusión de la historia marítima de España. Como órganos rectores del Museo actúan el Patronato -creado por R. D. de 9 de enero de 1929- y la Dirección, ejerciendo como órgano asesor una Junta de Gobierno. Sus fondos permiten conocer la evolución de la institución y su funcionamiento en las diferentes áreas de gestión creadas. Entre las series fundamentales hay que destacar los expedientes de ingreso, vitales para conocer la procedencia y la historia de las colecciones.