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Las gestiones para la construcción las realizó D. ODON DE BUEN, a la sazón Director del Instituto Español de Oceanografía, para acoger a la Oficina Hidrográfica Internacional y Estación Biológica.
La construcción fue autorizada por el entonces Ministro de Fomento D. INDALECIO PRIETO, dando comienzo las obras en 1932 finalizando en 1935.
Por Decreto de la Presidencia del Consejo de Ministros de 21 de Mayo de 1935, el Laboratorio Oceanográfico de Málaga pasa a depender del Ministerio de la Marina.
Al iniciarse la Guerra Civil Española, el edificio aún no se había entregado ni se había efectuado instalación de ninguno de los Organismos de los que estaba previsto hacerlo. En aquellas fechas la Marina Republicana se incautó del Edificio estableciendo en el, depósitos de víveres y municiones, cuartel, enfermería y Oficinas todo bajo el nombre de Base Naval.
El 8 de febrero de 1937 la Escuadra Nacional entró en Málaga y tomó posesión del Edificio, estableciéndose en él la Base Naval Accidental de Málaga.
El 6 de noviembre de 1937 se suprimió la citada Base Naval y sus servicios pasaron a cargo de la Comandancia de Marina, la cual trasladó sus oficinas al edificio a finales de ese mismo año.
El 1 de agosto de 1939 se entrega el ala Norte del Edificio al Laboratorio Oceanográfico y en 1941 quedan instalados el Acuario y el Museo en el Ala Centro, utilizando la Comandancia de Marina el Ala Sur, ala ésta en la que según el proyecto original del edificio estaba prevista la instalación de la Oficina Hidrográfica Internacional, pero que al haberse establecido en Mónaco no tenía un fin determinado.
El día 11 de febrero de 1948, el Ministro de Marina autoriza la adquisición del edificio en que está instalada la Comandancia de Marina.
Por Decreto de 11 de julio de 1963, el Instituto Español de Oceanografía, y por tanto el Laboratorio Oceanográfico de Málaga, pasa a depender del Ministerio de Comercio (Subsecretaría de la Marina Mercante).
El 13 de diciembre de 1978, el Comandante de Marina, inicia expediente para el desalojo de las dependencias que ocupaba el laboratorio Oceanográfico, basándose en razones económicas de mantenimiento, infrautilización de los espacios ocupados y razones de seguridad.
El 1 de octubre de 1983 se inaugura en Fuengirola el actual Edificio del Centro Oceanográfico, pasando la Comandancia de Marina a ocupar la totalidad del edificio del Paseo de la Farola, una vez efectuado el desalojo que concluye en 1986.
En 1995 se inicia el estudio acerca de la posible instalación de la Delegación de Defensa de Málaga, la cual se realiza en el último trimestre de ese mismo año.
Con la entrada en vigor de la Instrucción 81/2004 del Almirante Jefe del Estado Mayor de la Armada, quedó integrada en el Mando de Acción Marítima de Cádiz, perteneciente a la Fuerza de Acción Marítima, con la denominación de Comandancia Naval de Málaga.
La misión principal será la de efectuar vigilancia e inspección de la flota pesquera y a su flota auxiliar de cebo vivo, cañas, líneas, palangre y cerco de atún, así como de las actividades de las jaulas remolcadas y de las granjas de engorde
La “Jornada de Confraternización” fue todo un éxito. Este tipo de actividades, que se suelen organizar una vez al mes y preferiblemente en sábado para no alterar el régimen normal de trabajos tanto de científicos como de dotación
El día 8 nos volvimos a hacer a la mar en demanda de La Spezia, a donde arribaremos el día 11 para participar en las maniobras ITALIAN MINEX
El cansancio de las guardias de mar va reflejándose en las caras de toda la dotación. Una semana dura nos queda por la proa, pero es la última ya, el puerto de Mayport en Florida nos espera en apenas siete días
Recibiendo el auxilio de práctico y dos remolcadores firmes en castillo y toldilla respectivamente desatracamos del muelle de cruceros de la terminal Sierra Maestra del puerto de La Habana
Con el paso de los días seguimos navegando milla tras milla y sumando semanas de navegación, mientras continuamos participando en la Operación Atalanta
Además del tráfico habitual, mercante y pesquero, hoy nos hemos cruzado en nuestro querido corredor internacional con un convoy de barcos mercantes escoltados por dos buques coreanos