El Cuartel General de la Flota, situado en la Base Naval de Rota, es el conjunto de órganos que encuadran los medios humanos y materiales necesarios para asistir al Almirante de la Flota en el ejercicio del mando de la Flota.

Está constituido por los siguientes órganos:

• Órgano Auxiliar de Mando del ALFLOT
  • Estado Mayor de la Flota
  • Ayudantía Mayor
  • Asesoría Jurídica de la Bahía de Cádiz
  • ORP de la Flota
  •  Seguridad Naval de la Bahía de Cádiz
  • Ayudante y Secretaria de ALFLOT

Organigrama del Órgano Auxiliar de Mando del ALFLOT