La protección del medio ambiente es una demanda social de primer orden y la Armada está plenamente implicada en este esfuerzo. Por ello, desde hace años, viene desarrollando iniciativas encaminadas hacia la prevención de la contaminación marina, atmosférica y de los suelos, la concienciación de su personal, el ahorro energético y la prevención de incendios agroforestales, además de acudir en auxilio de los medios civiles cuando es necesario.
La Armada, ha definido su política ambiental en el documento LINEAS GENERALES DE LA ARMADA, promulgado por el Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada (AJEMA) en septiembre de 2007: "La Armada continuará impulsando medidas de protección ambiental en buques e instalaciones en tierra y mantendrá su política de minimizar el impacto sobre la vida marina y el medio ambiente durante la realización de actividades de preparación de la fuerza."
En realidad, esta política ambiental en el ámbito marino no es nueva. Las autoridades marítimas de algunos países del mundo junto con los profesionales del mar fueron los primeros en advertir la necesidad de regular los vertidos desde los buques e idear equipos y sistemas de tratamiento. Así, para evitar dichos vertidos se desarrolló el Convenio Internacional MARPOL 73/78 que fue promovido por la Organización Marítima Internacional y ratificado por el Gobierno español el año 1984. Aunque los buques de guerra están exentos de cumplir el Convenio MARPOL, los buques de la Armada realizan una adecuada gestión ambiental abordo en línea con lo establecido en el citado Convenio.
Por otro lado, la Armada consciente de la importancia de la biodiversidad de las aguas territoriales españolas, ha firmado convenios con otras Administraciones para delimitar aquellas zonas en las que la utilización de sónares antisubmarinos constituyan una amenaza para los cetáceos. Asimismo, la Armada ha dado las instrucciones precisas a sus unidades relativas a las zonas, la vigilancia previa, el control de la potencia y frecuencia de las emisiones y las comunicaciones con organismos OTAN y Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, que deben seguir las unidades antes y durante la ejecución de ejercicios.
En las instalaciones de tierra, la política de la Armada se especifica en los sistemas de gestión ambiental (SGA), de acuerdo con el modelo ISO 14001. En la experiencia piloto que se desarrolló en el seno de países OTAN, en la que participó España en los años 90, fue una unidad de la Armada, la primera en conseguir la certificación del SGA en 1997, no solo en España sino en Europa. Desde entonces el campo de adiestramiento de la Sierra del Retín, mantiene este certificado, cuya actualización, de acuerdo con la normativa, es anual.
Para el desarrollo de estos planes, la Armada cuenta con sus propios recursos, demuestra su compromiso y su participación activa, al estar en vanguardia en todos los niveles ambientales de su competencia y no solo se conforma con lo conseguido, sino que siguiendo la filosofía de la mejora continua espera alcanzar cotas más altas en los próximos años.
Por otro lado la Armada cuenta con capacidad específica de acción marítima compuesta por patrulleros que emplea sus medios de forma permanente como contribución al conjunto de actividades que llevan a cabo los distintos organismos de la Administración Pública con competencias relacionadas con la mar para velar por los intereses marítimos nacionales y el control de los incidentes en la mar.
En éste ámbito tiene un especial significación el control y la vigilancia de la actividad de pesca marítima a través del acuerdo entre el Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino y el Ministerio de Defensa con el propósito de asegurar el mantenimiento y desarrollo de los recursos pesqueros de los caladeros nacionales y el cumplimiento de la legislación nacional y de los compromisos internacionales asumidos por España en esta materia.