El Archivo del Museo Naval es un archivo histórico militar. Su creación no se produce mediante una norma o disposición reglamentaria, si bien el Real Decreto de organización del Museo Naval de 25 de septiembre de 1856 posibilitó el ingreso de fondos documentales al disponer que se reunieran en la Biblioteca del Museo Naval los libros, manuscritos, cartas y planos que existían en el Ministerio de Marina, en el Depósito Hidrográfico, en el Observatorio Astronómico de San Fernando y en los demás establecimientos marítimos. La década de los años treinta del siglo XX fue determinante en su formación y crecimiento, pues ingresaron en el Museo Naval los fondos procedentes de la Dirección de Trabajos Hidrográficos, institución receptora de numerosas expediciones científicas realizadas por la Armada en los siglos XVIII y XIX; asimismo se depositaron en la citada Dirección las compilaciones realizadas por los oficiales de la Armada Martín Fernández de Navarrete, Juan Sanz de Barutell y José de Vargas Ponce quienes, a finales del siglo XVIII, fueron comisionados oficialmente en los archivos públicos y particulares del Reino para copiar la documentación sobre la Marina que en ellos existiese y así realizar la historia marítima española. En la Biblioteca ingresaron los fondos bibliográficos y la documentación textual, esta última en la sección de "Manuscritos". En 1930 se crea la Sección de Cartografía en la cual se reuniría toda la documentación que de este tipo se transfiere de la citada institución. Estos fondos forman el primer grupo documental importante que incorpora el Museo y constituyen una fuente primordial para conocer el desarrollo de la Marina científica española del siglo XVIII y XIX así como la administración de la Armada y sus actuaciones durante las épocas medieval y Moderna.

En 1934 ingresa en el Museo Naval documentación procedente del Archivo de la Ordenación del Departamento Marítimo de Cartagena. Entre ella cabe destacar los expedientes de ingreso en el Cuerpo Administrativo de la Armada, la documentación referente a la expulsión de los jesuitas y la documentación sobre el bloqueo de Gibraltar y la evacuación de Orán y Mazalquivir. En 1944 ingresan, procedentes del Archivo de la Capitanía General de San Fernando, seis legajos con documentación sobre la Campaña de Brest (1799 - 1802). A mediados del siglo XX se trasladan al Museo Naval los expedientes de ingreso en la Real Compañía de Guardiamarinas, ubicada en Cádiz, conocidos como expedientes de "probanza de nobleza o limpieza de sangre", requisitos imprescindibles para la admisión en la misma durante los siglos XVIII y XIX.

Posteriormente ingresaron donaciones de archivos particulares: colecciones de Enrile, Fernández Duro, Mazarredo y Cincúnegui, apellidos de oficiales de la Marina que desempeñaron diversos cargos y comisiones en la Armada durante los siglos XVIII y XIX. También se llevaron a cabo adquisiciones y recopilaciones por parte de los directores que estuvieron al frente de la institución. Las recopilaciones se realizaron principalmente con documentos procedentes del Archivo General de la Marina "Álvaro de Bazán". De este Archivo procede gran parte de la "Colección Guillén", realizada por el almirante Julio Guillén Tato, director de la institución a lo largo de cuarenta años. Procedente del mismo Archivo ingresa la mayor parte de la "Colección de Impresos", formada por disposiciones legislativas que abarcan el período cronológico comprendido entre los siglos XVIII al XX.

En el Archivo se conserva también la documentación generada entre 1843 y 1900 por el Ministerio de Marina -sección "Museo Naval"- y la producida por el Museo Naval durante el siglo XX.

En el año 2003 ingresaron en depósito los fondos procedentes del Archivo Central Eclesiástico de la Armada constituidos por los libros sacramentales procedentes de los antiguos Departamentos Marítimos peninsulares, de los Apostaderos de La Habana y Filipinas y de la Flota. Son aproximadamente 300 libros de los siglos XVIII al XX.

El Real Decreto 2598 / 1998, de 4 de diciembre que aprueba el Reglamento de Archivos Militares, confiere el carácter de Archivo Nacional al Archivo del Museo Naval integrándose en el Sistema Archivístico de la Defensa a través del Subsistema Archivístico de la Armada.

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